如何解决 R CMD check 出现 NOTE: "no visible binding for global variable"

NSE (非标准话求值) 允许直接对数据的变量进行操作，如subset()函数。虽然初始目的是为了交互运行的时候减少代码输入方便计算，随着 tidyverse 兴起，大大增加了数据分析 效率，NSE 用途也越来越广，许多新开发的包都依赖一些采用了 NSE 的函数。在 R CMD check的时候出现 就出现由 NSE 引起的 NOTE no visible binding for global …

github 开源项目如何选择协议

在 github 创建开源项目的建议选择协议，或者说许可证。当然你可以不采用任何协议，那样就表示代码权给自己所有，别人不可以复制，不可以基于你的代码进行开发，这样还不如 把项目设置为私有。 应该根据自己项目的目标选择合适的协议，一般分为以下几种情况 […] 更多参考 chose a license，可以在README中添加 相应许可协议的badage，参考这里

CentOS 7 R 中安装 hdf5r 包

环境： CentOS 7.7, R 3.6.0 在安装 hdf5r 包的时候，提示需要 hdf5-devel >= 1.8.13，而目前CentOS 7 中 yum 只能安裝1.8.12版本，所以只能手动安装高版本的hdf5. 卸载yum安装旧版本后，从官网下载 hdf5-1.10.5安装 […] wget …

坐标轴label移动到图形内部最左边

有时候我们画条形图的时候，由于坐标轴的label太长而占用空间太大影响图形美观, 这个时候可以通过把label移动到图形内部增加图形面积, 下面介绍用geom_text()和修改坐标轴的grob以实现移动坐标轴label

ggplot 中文字体

两种方法可实现在ggplot图形中采用中文字体，extrafont或showtext包。 […] extrafont目前仅支持TrueType字体。安装extrafont, 并将字体导入extrafont 数据库，仅安装的时候运行一次即可： install.packages(extrafont) library(extrafont) font_import() # …

ggplot修改连续坐标的范围

xlim和ylim用于修改ggplot连续坐标的范围，等价于scale_x_continuous(limits = )和scale_y_continuous(limits=). 下图展示了默认y的范围及使用ylim和scale_y_continuous(limits=)修改其范围 library(ggplot2) p1 <- ggplot(mtcars, aes(factor(vs), …

浅析ggplot `aes(group=var)`的用法

我们都知道ggplot功能非常强大，可以自动完成很多任务，比如根据fill或color自动添加legend，并自动对数据进行分组，然后对每个分组进行处理。但是某些情况下，自动分组会产生奇怪的图形，这时候就需要显式设置group以实现目的. […] 默认分组分为两种 […] library(ggplot2) # sample data diamonds2 <- …

ggplot 修改离散坐标的顺序

ggplot作图默认对分类数据采用字母顺序进行排序（如下图中横坐标所示）序，我们可以对其进行重新排序，以使图形更加美观或更能清楚的表达数据模式。有两种方法可以实现这种结果： set.seed(100) library(ggplot2) library(dplyr) tb <- tibble::tibble( x = letters[1:10], y = sample(10, 10) ) …

git rebase 变基提交

变基rebase主要与两个用途：分支之间commit的转移，可以把一个分支上的修改复制到另一个分支；交互式变基修改commit，如commit的合并、顺序调整、commit的提交日志修改。 […] # HEAD~3 指定可编辑的提交 git rebase -i HEAD~3 进入编辑器修改提交: […] pick 383c7ee commit 3 pick …

ROC曲线与AUC值

机器学习分类问题中，混淆矩阵(非监督学习中称匹配矩阵match matrix)用于表征算法的性能。如下表所示 […] 由此可得出： […] 二分类通常是通过选定阈值对结果进行分类。比如概率选取阈值为0.5，大于0.5的为正样本，小于则为负样本。如果阈值增大，那么假阳性率降低，同时真阳性也会降低；反之阈值减小，虽然真阳性率为增加，但是假阳性率也会增加。阈值的选取在一定程度 …

一路嘿嘿

Bioinformatics, R enthusiast. Thoughts on reasarch, personal experience and other distractions.

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