R | 一路嘿嘿

如何解决 R CMD check 出现 NOTE: "no visible binding for global variable"

2020/03/20

NSE (非标准话求值) 允许直接对数据的变量进行操作，如subset()函数。虽然初始目的是为了交互运行的时候减少代码输入方便计算，随着 tidyverse 兴起，大大增加了数据分析效率，NSE 用途也越来越广，许多新开发的包都依赖一些采用了 NSE 的函数。在 R CMD check的时候出现就出现由 NSE 引起的 NOTE no visible binding for global …

CentOS 7 R 中安装 hdf5r 包

2020/02/18

环境： CentOS 7.7, R 3.6.0 在安装 hdf5r 包的时候，提示需要 hdf5-devel >= 1.8.13，而目前CentOS 7 中 yum 只能安裝1.8.12版本，所以只能手动安装高版本的hdf5. 卸载yum安装旧版本后，从官网下载 hdf5-1.10.5安装 […] wget …

ggplot修改连续坐标的范围

2019/09/20

xlim和ylim用于修改ggplot连续坐标的范围，等价于scale_x_continuous(limits = )和scale_y_continuous(limits=). 下图展示了默认y的范围及使用ylim和scale_y_continuous(limits=)修改其范围 library(ggplot2) p1 <- ggplot(mtcars, aes(factor(vs), …

浅析ggplot `aes(group=var)`的用法

2019/09/20

我们都知道ggplot功能非常强大，可以自动完成很多任务，比如根据fill或color自动添加legend，并自动对数据进行分组，然后对每个分组进行处理。但是某些情况下，自动分组会产生奇怪的图形，这时候就需要显式设置group以实现目的. […] 默认分组分为两种 […] library(ggplot2) # sample data diamonds2 <- …

Tidy evaluation

2017/09/26

dplyr是数据处理，特别是操作data.frame最常用的工具，提供了一系列函数来实现常见的数据框的处理，如mutate(),select()，为了方便我们在交互环境下处理数据，编写更简单的代码，这些函数利用了非标准求值方法实现(NSE, non-standard evaluation).

Mac 升级 R 3.4.0 出现错误

2017/04/25

前几天CRAN 发布了R 3.4.0版本，今天抽空安装了下，然而重启 Rstudio 运行的时候，加载某些包（如 dplyr，devtools）出现错误caught segfault address 0x18, cause 'memory not mapped'。重新安装包也不起作用，想到自己升级到R 3.4.0的时候采用的覆盖安装，所以考虑可能是因为版本问题引发的这个错误。随后尝试按 …

一路嘿嘿

Bioinformatics, R enthusiast. Thoughts on reasarch, personal experience and other distractions.