CentOS 7 R 中安装 hdf5r 包

2020/02/18

环境： CentOS 7.7, R 3.6.0

在安装 hdf5r 包的时候，提示需要 hdf5-devel >= 1.8.13，而目前CentOS 7 中 yum 只能安裝1.8.12版本，所以只能手动安装高版本的hdf5.

卸载yum安装旧版本后，从官网下载 hdf5-1.10.5安装

wget https://support.hdfgroup.org/ftp/HDF5/releases/hdf5-1.10/hdf5-1.10.5/src/hdf5-1.10.5.tar.gz
tar xvf hdf5-1.10.5.tar.gz
cd hdf5-1.10.5
./configure --prefix=/usr/local/hdf5
make
make check
sudo make install 
sudo make check-install

这时候安装hdf5r的时候提示请安装 hdf5r-devel。

然后在这和这发现 hdf5r 的安装依赖 h5cc,因为是自己安装的 hdf5，所以需要手动指定 h5cc 路径

install.packages("hdf5r", configure.args="--with-hdf5=/usr/local/hdf5/bin/h5cc")

结果又出现下面错误：

Error: package or namespace load failed for ‘hdf5r’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
unable to load shared object '/home/caoyang/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.6/00LOCK-hdf5r/00new/hdf5r/libs/hdf5r.so': libhdf5_hl.so.100: cannot open shared object file: No such file or directory.

这表明加载包的时候不能识别 hdf5 的动态库,实际包已经安装好了，只是不能加载 hdf5 动态库,需要手动配置 hdf5 动态库 libhdf5_hl.so.100，方法参考这和这，也就是通过在 ~/.Rprofile 中添加

# echo "dyn.load('/usr/local/hdf5/lib/libhdf5_hl.so.100')" >> ~/.Rprofile 
dyn.load('/usr/local/hdf5/lib/libhdf5_hl.so.100')

或者 ~/.Renviron 文件中设置 LD_LIBRARY_PATH为 /usr/local/hdf5/lib

echo LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:/usr/local/hdf5/lib >> ~/.Renviron

然后成功加载 library(hdf5r)

上面的解决办法是在 R 中进行，分为两步，一是指定 h5cc路径，二是加载 libhdf5_hl.so.100库。那么我们可以通过把 h5cc 加到路径中或者是链接到 /usr/local/bin下，然后把 hdf5 库添加到 LD_LIBRARY_PATH.

# 软连接到/usr/local/bin 
for f in /usr/local/hdf5/bin/* ; do ln -s $f /usr/local/bin ; done \

# LD配置
echo /ur/local/hdf5/lib > /etc/ld.so.conf.d/hdf5.conf

然后安装即可

install.packages("hdf5")

CentOS 7 R 中安装 hdf5r 包

2020/02/18

一路嘿嘿

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